A Federação do Comércio de Bens, Serviços e Turismo do Estado do Maranhão foi fundada no dia 26 de agosto de 1953, por meio de uma assembleia de fundação da qual participaram os empresários Arnaldo de Jesus Ferreira, Wady Miguel SafadyNazar, João Marinho de Araújo, Marcelino dos Reis Nunes e Alberto Souza Almeida.
Os integrantes da primeira assembleia da Fecomércio-MA representavam o Sindicato do Comércio Atacadista de Gêneros Alimentícios de São Luís, Sindicato do Comércio Varejista de Gêneros Alimentícios de São Luís, Sindicato do Comércio de Vendedores Ambulantes de São Luís, Sindicato dos Lojistas do Comércio de São Luís e Sindicato de Hotéis e Similares de São Luís, cinco entidades que são consideradas os sindicatos fundadores da Federação do Comércio do Maranhão.
Durante a primeira Assembleia, em 26 de agosto de 1953, os delegados representantes dos cinco sindicatos fundadores elegeram a primeira Diretoria da Fecomércio-MA, sob a presidência do empresário Arnaldo de Jesus Ferreira. A vice-presidência da entidade recém criada ficou com Wady Miguel NazarSafady, e como diretores estavam Francisco Guimarães e Souza (diretor-secretário) e João Marinho de Araújo (diretor-tesoureiro). O reconhecimento da nova instituição sindical que surgia no Maranhão foi concretizada no dia 18 de setembro daquele mesmo ano, quando o Ministério do Trabalho expediu a Carta Sindical.
No ano de fundação, a Federação do Comércio do Maranhão ocupou o primeiro andar do Edifício Palácio do Comércio, antigo Hotel Central, cedida pela Associação Comercial do Maranhão. Em janeiro de 1954, a entidade mudou-se para um prédio à Rua 7 de Setembro, nº. 340, e em abril do ano seguinte mudou-se para um prédio à Rua Humberto de Campos, nº. 174. Alguns anos depois, a Fecomércio-MA voltou a instalar-se na sala alugada do prédio do Palácio do Comércio, permanecendo como inquilina da Associação do Comércio do Maranhão até julho de 1988, quando foi inaugurada a sede própria de dois pavimentos localizada à Rua do Outeiro, nº. 456.
A Diretoria eleita em agosto de 1953 foi presidida pelo empresário Arnaldo de Jesus Ferreira até o dia 16 de janeiro de 1955, quando o dirigente pediu licença do cargo e, então, assumiu o vice-presidente Wady Miguel NazarSafady, que realizou novas eleições no dia 26 de agosto do mesmo ano. Na ocasião, foi eleito para presidir a Federação do Comércio do Maranhão o empresário Francisco Guimarães e Souza, que já fazia parte da Diretoria anterior. Com o novo presidente,foram empossados também José Almeida Ferreira, como vice-presidente; Hugo Luz, na função de Diretor-secretário; e Nilton Felipe Quadros, como Diretor-tesoureiro.
O presidente Francisco Guimarães e Souza permaneceu no cargo, por sucessivas reeleições, até 20 de setembro de 1967, quando foi eleito para presidência da Fecomércio-MA o empresário Euclides Nunes da Costa e Silva. No entanto, 12 anos depois, no dia 10 de agosto de 1979, Francisco Guimarães e Souza foi eleito mais uma vez para presidir a entidade, cargo que ocupou até à sua morte em 21 de abril de 1983. Com isso, assumiu o vice-presidente José Arteiro da Silva, que permaneceu na gestão da entidade por 39 anos, após sucessivas reeleições. Em 31 de maio de 2022, o atual presidente Maurício Feijó assumiu o posto.
A Federação do Comércio de Bens, Serviços e Turismo do Estado do Maranhão se encontra na Avenida dos Holandeses, em um prédio de 11 andares que integra, pela primeira vez no Maranhão, as administrações da Fecomércio, Sesc e Senac em um mesmo edifício. Além disso, a Federação do Comércio possui um Centro Comercial, inaugurado em novembro de 2018, também na Avenida dos Holandeses, área nobre da capital maranhense, que permite autonomia e autossuficiência financeira à entidade.